乡下的14岁少女艾丽卡，为了成为传说中的“乙HiME”，不远万里来到繁华的大都市，想要在风华王国的加尔德罗贝学院学习。　　所谓“乙HiME“，是王权贵族们为了保护自己所招募的，通过建立契约而使用超能力的少女们的通称。这是每个少女都梦想的职业，艾丽卡也不例外。但加尔德罗贝学院的入学条件十分苛刻，艾丽卡对此无能为力。正当艾丽卡一筹莫展之际，她竟遇到被士兵追捕的风华王国公主真白公主！原来，真白厌倦王室无聊的生活，逃离了王宫。二人逃离追兵后，突然遭遇了奇怪生物的袭击，加尔德罗贝学院的预备生尼娜•王与学院中的乙HiME开始了公主营救行动。　　不平凡的开端，艾丽卡通向乙HiME的道路，到底如何是好？

マイスターオトメになったというのに単位の足りないアリカ・ユメミヤは、今日もガルデローベで補習授業を受けていた。　　そんな平和な日々のなか突然、惑星エアルに巨大隕石が迫る。この未曾有の危機を前に、初めて各国が協力し、マイスターオトメによる隕石迎撃作戦が行われる！　　しかし、それは新たな物語の序章であり、惑星エアル史上最大の危機の幕開けだった!!

经历了多次战争的人类，将大量科技封印。主人与超能力少女——乙HiME的契约模式，成为了各国保护自己的唯一选择。　　梦想成为乙HiME的少女西弗露•弗兰在列车上被绑架了。黑夜男子布鲁斯•瓦尔斯与仆人莱娜•尤奈妮亚将少女从恐怖分子手中救下。解救任务的成功，全拜乙HiME的参与所赐。但是，这片刻的和平没有维持多久。恐怖分子组织着下一次绑架行动，乙HiME的学校——加尔德罗贝学院亦在窥探西弗露的一举一动。一切都是因为西弗露神秘的身世，与其拥有的未知的力量。一直拒绝成为乙HiME的莱娜，不得不面对现实，用乙HiME的力量，结束这一切。　　人气动画《舞—乙HiME》前传OVA，最强的苍天之青玉的起源在这里揭示。

鸨羽舞衣与弟弟巧海在摇摆的邮轮上等待到案，他们的目的地是名为“风华学园”的高等学校。父母双亡的舞衣意外获得了风华学院的奖学金，决定与弟弟一起转到这所学校。　　大海航行之中，舞衣突然发现大海上漂流的一名少女。这名抱着大剑的少女名叫美袋命，舞衣将她救上船。随后，船上又出现一名名叫玖我夏树的神秘长发女子。夏树见到命之后立即要取对方性命，并召唤出机械兽参加战斗！舞衣被眼前发生的情景震惊，但此时，她的超能力也觉醒！原来舞衣也是拥有“HiME力量”的超能力者。　　战斗过后，舞衣与弟弟巧海继续向风华学园前进，却不知道，那里等待他们的，是HiME力量的秘密与宿命的束缚。

マシロを護る事が出来なかったことを後悔しているアリカは、外出禁止とされ、行方不明のマシロを探しに行けず、もやもやしていた……。一方、ニナとナオはアルタイのベルーハ山に来ていた。前時代の遺跡に手がかりを求めて……。ところが遺跡の中は無数のトラップが仕掛けられていた。果たして二人は無事、遺跡の中枢へたどりつけるのか?!その頃、マシロは黒い谷から脱出出来ずにいる。三者三様の決意を胸に、新たな事件が起こる……。

ヴィントを襲った大事件の後、アリカは黒い谷と共に消えてしまったマシロを探し旅を続けていた。そして、エアリーズへの道中でさっそく起こったのが、アリカの乗ったバスのバスジャック事件！卑劣なテロリストに立ち向かうために登場したのは我らがヒーロー（!?）のハルカ・アーミテージ准将だった！今回の主役はハルカ准将、バスジャック犯を相手に大暴れ!!

遺跡に眠っていた旧時代の惑星殲滅用兵器が目覚めようとしていた……。 ニナは黒い谷のマシロたちに合流するも、何も出来ない自分にひとり悩んでいた。一方アリカはマシロを探しに向かう。ナツキたちは惑星殲滅兵器対策にヴィントに戻る。遂に各国の惑星殲滅兵器が復活してしまい、各国オトメたちが応戦するも、善戦むなしく惑星エアルの最大の危機が迫る。マイスターオトメを次々に石化した敵・真祖も完全体となり、マシロたちの前に立ちふさがる。絶体絶命のマシロたちの前にアリカが合流するが……。

マイスターオトメになったというのに単位の足りないアリカ・ユメミヤは、今日もガルデローベで補習授業を受けていた。 そんな平和な日々のなか突然、惑星エアルに巨大隕石が迫る。この未曾有の危機を前に、初めて各国が協力し、マイスターオトメによる隕石迎撃作戦が行われる！ しかし、それは新たな物語の序章であり、惑星エアル史上最大の危機の幕開けだった!!