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午夜12点，在繁华都市的一个小角落，一家食堂才刚刚开始营业。这家深夜食堂的老板(小林薰饰)虽然脸上带着伤疤，却是一个温情且厨艺精湛的男人。虽然小店里的菜谱很简单，但是只要是客人想吃的都可以点，所以小店备受底层小市民的喜爱。延续第一季的风格，深夜食堂里每晚都上演一个耐人寻味的故事，每个故事的主角都有自己钟爱的一款美食。特别值得一提，第一季曾出现的红色香肠再度登场，其中埋藏多年的往事随之揭晓，曾经的故人再度聚首，又展开了一个崭新的温情故事…… 《深夜食堂》在2006年开始连载，由于作品气氛浓郁、风格特殊，二度改编日剧播映，由小林薰担任男主角。隔年获得“第55回小学馆漫画赏”及“第39回漫画家协会大赏”。
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小小的深夜食堂，迎来送往这个喧嚣都市内奔波疲惫的人们。他们漫无目的，或者迷失方向，却往往不经意间在这个蕞尔角落找到前行的希望。每当在工作中遇到烦心事，赤冢范子（河井青叶饰）便穿着丧服在大街上游荡。偶然机缘，她在葬礼上结识了一名男子（佐藤浩市饰），干涸的心田便为爱情所滋润。经营荞麦面生意的高木圣子（木村绿饰）与儿子清太（池松壮亮饰）相依为命，清太和年龄长于自己的木村纱织（小岛圣饰）相恋，而一直与圣子好姐妹相称的圣子却全不知情。年逾古稀的老太太夕起子（渡边美佐子饰）被诈骗电话骗到了东京，食堂的热心人们担心她的钱被人骗走，老奶奶则不以为意。这趟前来，她仿佛有个未了的心愿。 本片根据同名漫画改编，为同名深夜剧的第二部电影版。
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ある大衆食堂を取材した映像。「平成肝っ玉母ちゃん」と呼ばれる女将が切り盛りするその食堂には、悩みを抱えたワケあり客が相談を求めやってくる。 従来通りのVTRパートに加え、放送禁止シリーズの趣旨、および隠された真実へ迫るヒントを有田哲平（くりぃむしちゅー）演ずる案内人が語る解説パートが設けられた。
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在商业区附近的某条商店街角落，有栋挂着狗招牌的住商混合大楼，那间店就在那里的地下一楼。门上画了猫咪图案的餐馆──“猫咪西餐厅”。创业五十年以来，一直持续满足商业区上班族们的胃。虽然是西餐厅，但西餐以外的菜单也非常丰富，是间只有这点勉强称得上特征的普通餐厅。 这么一间不起眼的小餐厅，在每周六都会对外公休，但是其实在这天都要迎接“异世界客人”的光顾：每到这天，店内的墙上就会出现一道门，这群客人不论是人族、魔族、鬼族、精灵族、蜥蜴人族、吸血鬼族、兽人、传说的魔龙（！？），都会从“门内”光临！ 那些触动来客铃、无论出身还是种族都五花八门的访客们追求的，是极为稀奇又不可思议的美味料理。不对，那些都是商业区的人早已看惯并吃惯的料理。不过对“星期六的客人”＝“某个世界的人们”来说，全都是前所未闻的料理。“某个世界”的人们，将能端出特别极品料理的“猫餐厅”称作──“异世界食堂”。这个星期，来客铃的铃声也将再次响起！
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夜幕笼罩下的东京霓虹闪烁，在城市某个不起眼的角落，充满温情的深夜食堂悄然开张。妖媚的川岛玉子（高冈早纪饰）一脸颓唐，她的靠山不久前去世，却没给她留下分文遗产。在颓唐无助的时候，貌不惊人的上班族小初（柄本时生饰）走入玉子的视野，他们的关系迅速拉近。乡下女孩栗山美知留（多部未华子饰）独自来到东京，走投无路之际她在老板（小林薰饰）这里吃了霸王餐，事后主动登门要求打工还钱，女孩因此找到了暂时的栖身地。3•11大地震让福岛灾民大石谦三（筒井道隆饰）和来自东京的志愿者杉田明美（菊池亚希子饰）相识。大石对后者展开狂热的追求，甚至尾随来至东京。 平凡人的小故事，在深夜食堂内交替上演……
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待业青年王春生大学毕业后整日无所事事，一心想着组建摇滚乐队成为歌坛巨星但却屡屡受挫，其不务正业的消极态度引起父亲王建国的担忧，两人矛盾不断，王建国也因此而病危入院，王春生为了不让父亲担心而不得不接手父亲苦心经营的饭店，但其漫不经心的态度却使得饭店生意一落千丈，麻烦不断。 王春生在经营饭店的过程中突发奇想，联合饭店后厨老实巴交的刘一守、痴迷凤凰传奇的逗逼祝安好、学习民乐勤工俭学的服务员卢晓萌等人组成了一支“摇滚乐队”，在逐渐磨合的过程中，几人经历了诸多啼笑皆非的“麻烦”，最终站在了音乐比赛的现场，虽然比赛最终以失败告终，但却让饭店因此而闯出了自己的特色，而王春生也开始逐渐成长，理解了一直以来父亲的良苦用心。