“强殖装甲”是数万年以前降临地球的外星人留下的超生体兵器，平凡的高中生深町晶偶然间得到卡巴，他的同校学长卷岛颚人则得到了另一套。因此成为了秘密组织克诺斯狙击的对象。此后，二人将要面对神秘组织克诺斯所派出兽化兵的追杀。渐渐的，关系到人类起源与未来的秘密变得清晰起来……

阿斯特拉金斯银河一直以来分为两大星系——Girugames星系和RoseLand星系。这两大星系之间，已经经历了一百多年未间断的战争……

在纽约出现了一只神秘的数码兽，他利用自己特殊的力量将太一、阿和、阿空、光子郎、美美、阿丈带到了一个陌生的世界。同时，在纽约的八神光和高石武发现了这只数码兽，并且看到一个美国小孩与数码兽对话之后逃走的情况。巴达兽悄悄地尾随其后，得知这个小孩要去一个叫“花场”的地方寻找“夏天的回忆”。大家赶至那里。收到小光的电子邮件的大辅他们马上坐飞机来到了美国......

根据同名日本漫画改编的电影，讲诉神秘组织“克诺斯”利用远古时代外太空生命遗留下来的“遗迹”，研制出将人类兽化的系统，制造出无数受控于十位克诺斯首领“兽神将”的兽化兵，并将它们安排在世界各地，准备在适当时机控制地球。

今天开始我就是狙击手……!?日常被夺走，肢体上装备名为“LBXUnit”的战术兵器的5名少女——“装甲娘”。这些被选中成为转移者的少女们的使命，是对横跨多元世界不断侵蚀、增殖的金属生命体·米梅西斯进行扫荡及歼灭。跨越时空被强加的佣兵生活，那就是得以窥见世界「希望」与「绝望」、赌上性命的修学旅行！