大明初年，朱棣（马精武饰）刚座上皇帝宝座，江南一带凶案迭发，百姓怨声载道，直接关系到政权的稳定。朱棣在众臣推荐下，差御史周新（姚橹饰）前往江浙办案，周新领旨前往。又一场凶案发生在东渡村，新婚之夜新郎中毒身亡，新娘柳玉妹（施柳屹饰）嫌疑重大，周新深感隐情蹊跷，他去伪存真令案件真相大白。周新一路下去，发现从县域到州府，再到省级衙门，吏治不清、积冤深重，冤假错案层出不穷，地方恶霸勾结朝廷内部官宦，留下了累累孽债。周新凭其过人智慧，针砭时弊、层层剥茧，缕顺其内外因果，逐一昭雪。使得朱棣自上台以后第一次感到打江山容易座江山难……

《大明按察使后传》由傅侍郎命案、铜镜催杀案、匠人失踪案、桂树夺命案、少女溺水案、四指疑案、倩女离魂案、盐官奇死案、墨水镇劫杀案、恶虎口惊马案等10个案子串连而成。最后，周新与纪纲矛盾激发后，明成祖朱棣听信纪纲馋言，周新被误杀。最终朱棣醒悟过来，将贪腐之臣纪纲处以极刑，并追封周新为杭州城隍，至今已六百年。